در این پروژه الگویی از مشارکت خیرین، دانشگاه علوم پزشکی تهران و وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشکی به عنوان نمایندگان دولت در تامین اعتبار شکل گرفت و فرصت جدیدی برای خیرین عرصه‌ی سلامت فراهم شد که به جای تامین منابع کل پروژه، هزینه‌ی درصدی از پیشرفت پروژه را تقبل کند

 برای تسریع در ساخت این پروژه آبان هزار و سیصد و نود و پنج با توافق وزارت بهداشت و دانشگاه علوم پزشکی تهران شرکتی تاسیس شد که در قالب قرارداد ساخت بهره‌برداری و واگذاری (B.O.T) منابع مورد نیاز این طرح ملی را تامین کند.

تهران از دیرباز همواره با نبود فضای کافی بیمارستانی برای پاسخگویی به بیماران مراجعه کننده از اقصی نقاط کشور مواجه بوده و برای حل این مشکل هیات دولت وقت، بیست و سوم بهمن هزار و سیصد و شش هجری شمسی تصمیم گرفت بیمارستانی با ظرفیت پانصد تخت را احداث کند تا هم مکانی مناسب برای آموزش دانشجویان فراهم شود و هم نظام سلامت بتواند پاسخگوی بیماران متناسب با رشد جمعیت باشد.

مجتمع بیمارستانی امام خمینی(ره) به یمن ورود امام راحل پس از سال‌ها تبعید در نخستین روز ورود ایشان به ایران به این نام نهاده شد.

 این مجتمع با حدود نود سال قدمت در حال حاضر با یک هزار و صد و شصت تخت فعال و تخت‌های در دست احداث دیگر، بزرگترین مجتمع درمانی کشور و از بزرگترین بیمارستان‌های منطقه است که بافعالیت سیصد و هشتاد عضو هییت علمی از نخبگان پزشکی کشور افزون بر اینکه مرجع و ملجا بیماران نیازمند سراسر ایران است بیش از یک هزار فراگیر از مقاطع دانشجویی تا دستیار فوق تخصصی نیز در آن آموزش می‌بینند.

  این پروژه، به عنوان بزرگترین پروژه نظام سلامت و افتخاری بزرگ در تاریخ ایران اسلامی، در راستای ارایه خدمات در تراز استانداردهای جهانی با مجموعه‌ای منحصر به فرد از نظر تعداد تخت ویژه و اتاق عمل در یک بیمارستان شامل پانصد و بیست و یک تخت بستری عادی،  دویست تخت بستری ویژه، 27 تخت بستری پست آنژیو، 102 تخت بستری اورژانس و 30  تخت بستری روزانه‌ی جراحی،  تکمیل و بهره‌برداری از آن برای ارائه خدمات به بیماران عزیز آغاز شده است.

همچنین در این مجموعه امکانات پاراکلینیکی شامل آزمایشگاه مرکز تصویربرداری و پزشکی هسته‌ای به ارایه خدمت به بیماران خواهد پرداخت. 

از دیگر امکانات مجموعه به بخش‌های آموزشی و سالن آمفی تئاتر در مساحت چهار هزار و دویست متر مربع، بخش‌های اداری و پشتیبانی شامل رستوران، پاویون، پارکینگ، انبار دارو، آشپزخانه، مرکز گازهای طبی، رختکن مرکزی و پارکینگ با مساحت چهار هزار و چهارصد و هفتاد و پنج متر مربع اشاره کرد.

همچنین به منظور ساماندهی همراهان بیماران که از شهرهای مختلف مراجعه می‌کنند با مساعدت شهرداری تهران، ساخت همراه سرا، پیش‌بینی شده  است

از دیگر ویژگی‌های پروژه‌ی ملی کلان بیمارستان هوشمند حضرت مهدی عجل الله تعالی فرجه الشریف می‌توان به دریافت لوح برتر سازه به منظور رعایت استانداردهای سازه‌ای و امکان خدمت رسانی در شرایط بحرانی به دلیل مقاومت در برابر زلزله و حریق اشاره کرد.

از ابتدای سال 1401 با تلاش شبانه روزی همکاران وزارت بهداشت، هیات امنای ارزی، دانشگاه علوم پزشکی تهران و مجتمع بیمارستانی امام خمینی(ره) تجهیزات بیمارستانی نصب و راه اندازی و  پذیرش بیمار آغاز شد و تقارن افتتاح این مرکز با نیمه شعبان شیرینی این دستاورد عظیم را بر ملت شریف ایران صدچندان کرد.

با افتتاح این پروژه‌ی ملی قابلیت‌های متفاوت درمانی در ارایه‌ی خدمات تخصصی و فوق تخصصی با دسترسی سریع در مرکز پایتخت از جمله راه‌اندازی ایستگاه متروی مدافعان سلامت در داخل بیمارستان برای مردم در سراسر ایران اسلامی فراهم می‌شود